Les procédés de fabrication diffèrent quelque peu selon qu'il s'agit d'une fabrication fermière ou d'une fabrication industrielle. Cependant, pour l'essentiel, les étapes sont demeurées les mêmes. Elles sont plus ou moins mécanisées selon les producteurs.
Nous prendrons ici l'exemple d'une fabrication fermière.
Le lait cru est versé, sitôt trait, dans de grandes bassines ou dans des réservoirs isothermes en acier inoxydable. La première étape exige que la température du local soit constante, en général aux alentours de 20°C. L'isolation des récipients évite le refroidissement trop rapide du lait en hiver et son échauffement en été.
Ce lait est emprésuré aussitôt. Le caillage dure 18 à 36 heures. De plus en plus, pour maîtriser l'acidification, des ferments lactiques sont ajoutés dans le lait quelques heures avant l'ajout de la présure. Ceci permet de mieux contrôler la phase de caillage, étape essentielle pour l'obtention de bons fromages.
L'étape suivante est l'égouttage (il se poursuit durant une douzaine d'heures). Plusieurs techniques sont utilisées pour séparer la pâte du lactosérum. Le caillé peut par exemple être versé dans des sacs suspendus, dans des toiles disposées sur des bannettes,...
Ensuite, pour améliorer l'égouttage, la pâte est pressée : des poids sont appliqués sur la pâte enveloppée de toiles pendant 6 à 12 heures.
Cette pâte est alors malaxée pendant quelques minutes afin de l'homogénéiser et de la rendre plus onctueuse et malléable. Autrefois réalisée à la main, cette étape pénible est maintenant effectuée à l'aide d'un pétrin de type "boulanger". Avant ce malaxage, la pâte est "vaccinée", c'est-à-dire que quelques fromages bien fleuris sont émiettés et ajoutés. Ceci favorisera le développement des Pénicillium candidum produisant une belle couverture blanche. Aujourd'hui, certains producteurs utilisent des spores de Penicillium et de Geotrichum, afin de limiter les accidents de fabrication dus à l'utilisation de vaccins.
Le moulage peut alors commencer. La pâte est pressée dans un moule ou "gaille" selon la forme choisie. Les dimensions de ce moule sont définies par le décret d'Appellation d'Origine afin d'obtenir des fromages du poids désiré. Les fromages sont ensuite posés sur des claies en acier inoxydable.
Quelques temps après leur moulage, les fromages sont salés. Le sel, fin et sec, est saupoudré sur toutes les faces du fromage. Cette opération essentielle (elle a des répercussions tant sur le goût que sur le "fleurissement") est très délicate à mener. Il faut en effet une grande dextérité pour mettre juste la quantité nécessaire. Cette méthode explique aussi certaines irrégularités de salage d'une production à l'autre. C'est pourquoi la technique du salage dans la pâte, qui permet de mieux contrôler la proportion de sel, est essentiellement utilisée.
Une fois salés, les neufchâtels sont déposés sur des claies en inox et mis en cave ou hâloir à fleurir, entre 12°C et 14°C. L'hygrométrie, voisine de 95 %, est importante.
Au bout d'une dizaine de jours, les fromages sont recouverts d'une couverture blanche et peuvent être consommés. Ils peuvent aussi être affinés plus longtemps. Ils sont alors transportés dans une "sécherie", où la température et l'hygrométrie sont plus basses. Ils y resteront jusqu'à plusieurs mois. Leur goût est alors plus affirmé, la croûte prend une couleur allant jusqu'au doré et la pâte devient souple et élastique.